La réforme entre en vigueur le 15 octobre 2026. À partir de cette date, la durée maximale d’indemnisation par l’Assurance maladie de certaines affections de longue durée non exonérantes sera ramenée de trois ans à un an. Les décrets n° 2026-866 et n° 2026-867 du 16 septembre 2026, publiés au Journal officiel du 18 septembre, modifient ainsi un régime dérogatoire qui permettait jusqu’ici à certains assurés en arrêt long de percevoir des indemnités journalières pendant trois ans.
La mesure ne concerne pas l’ensemble des arrêts maladie de longue durée. Elle vise les assurés atteints d’une affection nécessitant un suivi ou des soins prolongés, mais ne donnant pas droit à une prise en charge à 100 % par l’Assurance maladie. Ces affections sont dites « ALD non exonérantes ». Les ALD exonérantes, qui ouvrent droit à une prise en charge à 100 % dans les conditions prévues par le Code de la sécurité sociale, conservent leur régime actuel : les indemnités journalières pourront toujours être versées pendant une durée maximale de trois ans.
La distinction est donc déterminante. Un salarié suivi pour une affection chronique peut relever d’une ALD sans pour autant bénéficier d’une exonération du ticket modérateur. Dans ce cas, la durée dérogatoire d’indemnisation sera désormais plafonnée à un an. À l’inverse, les personnes atteintes d’une ALD exonérante, notamment certaines pathologies lourdes, ne sont pas concernées par cette réduction.
Les nouvelles règles s’appliqueront aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026. Elles concerneront aussi les arrêts déjà en cours à cette date lorsqu’ils atteindront six mois d’incapacité après le 15 octobre. En revanche, les assurés qui auront déjà dépassé six mois d’arrêt à cette date continueront de bénéficier de l’ancien régime et pourront, sous réserve des autres conditions applicables, être indemnisés pendant trois ans.
La réforme maintient également une condition importante pour l’ouverture d’une nouvelle période d’indemnisation au titre d’une même affection. Après épuisement du droit, l’assuré devra avoir repris le travail pendant au moins un an pour pouvoir bénéficier d’une nouvelle période d’indemnités journalières pour la même maladie. Cette règle prend une importance particulière avec le raccourcissement du plafond, puisqu’un salarié concerné pourra atteindre plus rapidement la fin de ses droits.
Pour les entreprises, l’enjeu est directement opérationnel. La réforme ne modifie pas en elle-même les obligations de maintien de salaire prévues par le Code du travail, les conventions collectives, les accords d’entreprise ou les contrats de prévoyance. En revanche, la fin plus précoce des indemnités journalières peut modifier les équilibres de prise en charge et la gestion de la paie. Les services RH devront notamment suivre avec davantage de précision les dates de fin de droits, les mécanismes de subrogation et les éventuels relais prévus par les régimes de prévoyance.
Lorsque l’employeur pratique la subrogation, il perçoit directement les indemnités journalières dues au salarié et maintient tout ou partie de la rémunération. Une interruption des IJSS plus tôt qu’auparavant peut alors générer des écarts de paie ou des régularisations si le suivi n’est pas suffisamment anticipé. Les entreprises devront aussi vérifier si leurs accords collectifs ou leurs contrats de prévoyance prévoient une couverture au-delà de la période indemnisée par l’Assurance maladie.
Autre point de vigilance : l’employeur n’a pas accès à la nature précise de l’ALD du salarié, information couverte par le secret médical. Il ne peut donc pas déterminer lui-même si l’affection est exonérante ou non exonérante. Le suivi devra s’appuyer sur les informations transmises par la CPAM, les décomptes d’indemnités journalières et les éléments administratifs dont dispose le service paie, sans chercher à obtenir des informations médicales qui ne relèvent pas de son champ.
Pour les DRH, cette évolution impose aussi de renforcer l’anticipation des retours après des arrêts longs. Une réduction de la période d’indemnisation peut accélérer certaines situations de fragilité financière pour les salariés concernés. L’entreprise devra continuer de mobiliser les dispositifs existants : visite de reprise, rendez-vous de liaison, temps partiel thérapeutique lorsque celui-ci est prescrit, aménagement du poste ou accompagnement vers un reclassement lorsque la situation l’exige.
Les décrets introduisent par ailleurs une possibilité de sanction en cas d’abus visant à obtenir des arrêts de travail sans lien avec l’état de santé. Cette disposition, distincte de la réduction de la durée d’indemnisation, s’inscrit dans un renforcement du contrôle des arrêts maladie. Elle ne crée pas une sanction nouvelle pour l’employeur, mais ajoute un outil de contrôle visant l’assuré en cas de comportement frauduleux ou abusif.
La réforme du 15 octobre modifie donc un équilibre ancien sans remettre en cause l’ensemble du régime des arrêts maladie. Pour les entreprises, la priorité sera de sécuriser le suivi des IJSS, la paie, les obligations conventionnelles et les garanties de prévoyance. Pour les salariés concernés par une ALD non exonérante, la différence est substantielle : la période maximale d’indemnisation passera de trois ans à un an, avec des conséquences potentielles sur la continuité de revenu et sur les modalités de retour à l’emploi.
